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中國醫(yī)學科學院成立于1956年，北京協(xié)和醫(yī)學院成立于1917年，中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)學院自1957年起實行院校合一的管理體制，是我國最高醫(yī)學研究機構和最高醫(yī)學教育機構。院校始終牢記初心使命，以引領我國醫(yī)學科技教育發(fā)展和維護人民健康為己任，教育人才輩出，科研碩果累累，醫(yī)療領銜行業(yè)，為我國現(xiàn)代科學醫(yī)學體系的建立和發(fā)展做出了重要貢獻。

建立之初，北京協(xié)和醫(yī)學院開創(chuàng)了我國八年制醫(yī)學教育、高等護理教育、住院醫(yī)師培訓制度和現(xiàn)代公共衛(wèi)生教育，取得了“北京猿人研究”“單體麻黃素提取”“黑熱病研究”等一系列重要成果；中國醫(yī)學科學院在脊髓灰質炎疫苗研發(fā)、全國控制和基本消滅麻風病、根治絨毛膜上皮癌化學療法的創(chuàng)建與推廣、我國抗生素自主研發(fā)和工業(yè)化生產(chǎn)等方面做出了創(chuàng)造性貢獻。

作為集醫(yī)教研產(chǎn)為一體的國家級綜合性醫(yī)學科學研究機構，北京協(xié)和醫(yī)學院擁有多個國家“雙一流”建設學科、一級學科博士學位授權點，在教育部第四輪學科評估中有多個A類學科；還擁有多個國家級重點實驗室、國家臨床醫(yī)學研究中心、其他國家級科研基地等。院校直屬醫(yī)院有北京協(xié)和醫(yī)院、阜外醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、整形外科醫(yī)院、血液病醫(yī)院和皮膚病醫(yī)院等，集醫(yī)院、研究所和教學機構于一體，形成了國內外聞名的醫(yī)療、教學和科研緊密結合的醫(yī)療服務體系。

1917年9月，由美國洛克菲勒基金會幫助建立北京協(xié)和醫(yī)學院，開辦醫(yī)預科，附屬醫(yī)院為北京協(xié)和醫(yī)院。

1919年10月，開辦醫(yī)學本科，學制為八年制。

1920年，開辦護士學校。

1929年，學校被國民政府教育部改名為私立北平協(xié)和醫(yī)學院。

1930年，協(xié)和醫(yī)學院獲中華民國教育部認可立案。

1942年初，協(xié)和醫(yī)學院被日軍占領而被迫關閉。

1945年，中華醫(yī)學基金會與協(xié)和醫(yī)學院校董事會派代表從日軍手中收回全部校產(chǎn)，重建協(xié)和醫(yī)學院，并于1947年10月第一次復校。

1949年9月，復稱北京協(xié)和醫(yī)學院，由中央人民政府接管。

1950年，學校停止招生。

1951年，學校更名中國協(xié)和醫(yī)學院。

1957年，學校并入中國醫(yī)學科學院。

文化大革命期間，學校停辦。

1979年8月，學校復校，改為中國首都醫(yī)科大學。

1981年，學校成為全國博士學位和碩士學位授予權單位。

1985年，學校改為中國協(xié)和醫(yī)科大學。

2012年9月，學校入選國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃；11月，入選教育部、衛(wèi)生部第一批“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃”項目試點高校。

2013年5月，學校入選國家第一批臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)模式改革試點高校。

2017年9月，北京協(xié)和醫(yī)學院入選國家“雙一流”世界一流學科建設高校。

2018年11月，北京協(xié)和醫(yī)學院等9所“雙一流”建設高校聯(lián)合組建了醫(yī)學“雙一流”建設聯(lián)盟。

2019年12月，北京協(xié)和醫(yī)學院等6所醫(yī)學院校牽頭成立北京卓越醫(yī)學人才培養(yǎng)高校聯(lián)盟。

2019年12月，中國醫(yī)學科學院在北京發(fā)布了《2018年度中國醫(yī)學院?？萍剂恐祱蟾妗?，北京協(xié)和醫(yī)學院綜合排名位列前10位。

2021年12月26日，北京協(xié)和醫(yī)學院馬克思主義學院揭牌成立。

2024年6月12日，北京協(xié)和醫(yī)學院腦和類腦學院揭牌成立。 12月，北京協(xié)和醫(yī)學院醫(yī)學人文發(fā)展研究院正式揭牌成立。

以上信息源自官網(wǎng)，數(shù)據(jù)截止至2025年6月，請以官網(wǎng)為準！