1962年，畢業(yè)于北京中醫(yī)學院，獲得醫(yī)學學士學位；同年，任職于內蒙古中醫(yī)院，歷任住院醫(yī)師、主治醫(yī)師、副主任醫(yī)師。
1970年，在北京《全國中草藥新醫(yī)療展會》任編輯。
1971年，開始進行COPD的防治研究，多次下鄉(xiāng)巡回醫(yī)療。
1976年，在全國中醫(yī)高級研究班學習深造。
1984年，任職于中日友好醫(yī)院，歷任中醫(yī)處處長、中醫(yī)肺脾科主任、中醫(yī)大內科主任。
1993年，被國務院學位委員會授予博士研究生導師。被北京中醫(yī)藥大學、天津中醫(yī)藥學院聘為教授、博士生導師，被長春中醫(yī)學院聘為教授。被國家中醫(yī)藥管理局、河南省中醫(yī)藥管理局、北京市中醫(yī)管理局、浙江省中醫(yī)院、廣東省中醫(yī)院、山東青島中醫(yī)院、河北省兩所中醫(yī)院聘為培養(yǎng)徒弟導師。
2010年，獲評為“首都中醫(yī)藥養(yǎng)生首席指導專家”稱號。
2013年，入選第二屆“首都國醫(yī)名師”。
2014年，入選第二屆“國醫(yī)大師”。
2020年，當選為中國中醫(yī)科學院學部委員。
《明醫(yī)之路道傳薪火》《中醫(yī)內科手冊》《今日中醫(yī)內科·中卷》《中醫(yī)急診醫(yī)學》等
《肺痿再辨識》《再談中藥不良反應問題》《關于SARS的中醫(yī)診治初步意見》《中醫(yī)溫病學與傳染性非典型肺炎》《中醫(yī)防治慢性肺源性心臟病的治法運用概況》《咳嗽變異型哮喘證治》等
晁恩祥提出“風咳”“風哮”病名，并闡明“風邪犯肺、氣道攣急”致咳、致哮的發(fā)病機理，創(chuàng)立了“從風論治”的治療原則和“疏風宣肺、解痙利咽、止咳平喘”的治療方法?！帮L哮”、“風咳”理論已經(jīng)被中醫(yī)學術界認可，豐富了中醫(yī)診療哮病和慢性咳嗽的理論與臨床，提高了中醫(yī)藥對這兩種病證的療效。
晁恩祥已參研課題10余項：1995年，承擔及參加國家中醫(yī)藥管理局科研基金課題；1996年，參加國家重點科技項目（攻關）計劃專題；2004年，承擔“十五”國家科技攻關計劃；2006年，參加“十一五”國家科技支撐計劃課題；2008年，承擔中醫(yī)藥行業(yè)科研專項項目；2009年，參加首都醫(yī)學發(fā)展基金（中醫(yī)藥類）課題研究。
晁恩祥已為北京市及多個省市培養(yǎng)碩博士、博士后及高徒70余位，如中日友好醫(yī)院主任醫(yī)師張洪春，天津中醫(yī)藥大學第二附屬醫(yī)院呼吸科主任醫(yī)師孫增濤等都是他的學生。
2009年，憑借“風哮、風咳理論及其臨床應用，獲得中華中醫(yī)藥學會科學技術一等獎。
2009年，憑借風哮、風咳理論及其臨床應用，獲得北京市科學技術獎三等獎。
2015年，憑借蘇黃止咳膠囊，獲得中國藥學發(fā)展獎創(chuàng)新藥物獎。
2019年，憑借《明醫(yī)之路道傳薪火》，獲得“杏林杯”中華中醫(yī)藥學會學術著作獎一等獎。
憑借蘇黃止咳膠囊，獲得中華中醫(yī)藥學會科學技術獎一等獎。
憑借甲型H1N1流感防控及集成創(chuàng)新性研究，獲得國家科技進步一等獎。
2006年，當選中央保健工作先進個人。
2006年，獲得中醫(yī)藥傳承特別貢獻獎。
2009年，獲得首都中醫(yī)藥防治甲流科技攻關獎。
2011年，獲得北京中醫(yī)藥薪火傳承貢獻獎。
2012年，當選全國中醫(yī)藥應急工作先進個人。
2013年，當選第二屆“首都國醫(yī)名師”。
2014年，當選第二屆“國醫(yī)大師”。
2015年，當選最美醫(yī)生。
2019年，獲得全國中醫(yī)藥杰出貢獻獎。
2020年，當選中國中醫(yī)科學院學部委員。
“晁恩祥等老一輩中醫(yī)藥工作者，用他們的辛勤耕耘，為中醫(yī)藥事業(yè)的繼承和發(fā)展做出了突出貢獻。”（中國工程院院士桑國衛(wèi)評）
“晁恩祥有著對中醫(yī)藥事業(yè)的熱愛、高尚的醫(yī)德，以及提攜后學，甘當人梯的精神?！保〞r任中華中醫(yī)藥學會會長王國強評）
“晁恩祥秉承大醫(yī)精誠精神，堅持‘對事業(yè)有誠心，對學術有誠信，對患者有誠意’，堪稱醫(yī)學界之楷模，為中日友好醫(yī)院的建設發(fā)展做出了很大貢獻，為醫(yī)院中醫(yī)、中西醫(yī)結合的特色和優(yōu)勢奉獻了心血與智慧。”（時任中日友好醫(yī)院院長許樹強評）
十大北京中醫(yī)名家 NO.8
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