可可西里的四大謎團之一是可可西里到底是怎么形成的，可可西里位于青藏高原的腹地，青藏高原的形成主要是板塊碰撞造成隆起的結果。但距離可可西里最近的板塊碰撞帶也有2000千米遠，幾乎不可能對可可西里的形成起到作用。目前，專家認為可可西里可能是由大陸破裂和海底擴張形成的。但是，這個謎團仍需進一步的研究和探索。

可可西里擁有眾多湖泊，其中有一些湖泊的水域面積在不同時間段內(nèi)會發(fā)生奇怪的變化，形成“血湖”，有專家認為，這些湖泊之所以呈現(xiàn)出紅色，可能是由于湖中的微生物、礦物質等成分的影響。此外，還有一些湖泊的水質會隨著季節(jié)的變化而發(fā)生變化，例如在寒冷的冬季時，湖水會變成乳白色。這些湖泊的存在給可可西里的自然環(huán)境增添了一份神秘和美麗。雖然科學家們已經(jīng)對這片土地進行了多年的研究，但關于血湖的成因和現(xiàn)象仍存在許多未解之謎。

可可西里未解之謎非常多，其中被譽為“高原精靈”的藏羚羊也是其中一個，藏羚羊每年12月交配，翌年6月底至7月上旬產(chǎn)仔，妊娠期200天左右。每年進入5月，都會有來自西藏羌塘、新疆阿爾金山以及青海三江源、可可西里保護區(qū)內(nèi)的數(shù)萬只藏羚羊前往海拔4800米的可可西里腹地卓乃湖產(chǎn)仔，8月母藏羚羊帶著年幼的小藏羚羊回遷，各自返回棲息地。迄今為止，藏羚羊的這種夏季產(chǎn)仔大遷徙是全球最為壯觀的三種有蹄類動物大遷徙之一。至于藏羚羊為何不遠千里前往可可西里腹地卓乃湖產(chǎn)仔，這種古老而原始的遷徙至今未有任何科學權威的解釋。

地下資源豐富似乎不算可可西里的秘密，專家早就發(fā)現(xiàn)可可西里油金礦區(qū)的地質構造非常適合油氣田的形成。在以往的科考中，人們還發(fā)現(xiàn)，有些地方地表有瀝青和原油滲出，都表明這里可能存在大油氣田。但目前科研力度有限，對大型油氣田的具體位置進行分析評價尚需時日。相比油氣田的懸念，可可西里盛產(chǎn)黃金的傳聞由來已久。早在1980年代，這里就出現(xiàn)過淘金熱，當時有十多萬人陸續(xù)進入可可西里的邊緣地區(qū)淘金。淘金、盜獵，在海拔5000米左右，氧氣含量只有平原50%的可可西里，一個個與寶藏和財富相關的傳奇反復上演。

可可西里盆地的這些“紅山脈”主要形成于距今7000多萬到3000萬年之間的白堊紀晚期到古近紀。山脈呈近東西走向，兩坡不對稱，南陡北緩，地層剖面裸露清楚，是青藏高原上一處壯觀的古地質遺跡。紅色地層南北出露寬度超過160公里，東西延伸長度近600公里，“紅色地層出露面積之大在國內(nèi)罕見”，可可西里的“紅山脈”地質景觀不僅有望成為可可西里的一座大型“地質公園”，其中包含的豐富地質信息與青藏高原隆升過程密切相關，將為深入研究青藏高原演化提供重要支持。

各種可可西里靈異事件的始作俑者都是其詭異神秘的氣候變化，可可西里的氣候非常特殊，有時會出現(xiàn)奇怪的氣候變化，如突然變冷、突然下雪等。年最低氣溫達到了零下46.2攝氏度，年平均氣溫值大約在零下10攝氏度至4攝氏度，由于受高空強勁西風動量下傳的影響，成為整個 青藏高原和全國風速主值區(qū)之一，年均風速分布由東南、東北向腹地及西部逐漸增大，等值線基本呈“喇叭口型”；風速在8.0～3.5ｍ/ｓ之間。由于氣候特別嚴寒，人類無法長期居住，所以大部分地區(qū)至今是人跡罕至的無人區(qū)。

可可西里雖然被稱為千湖之地，但淡水資源稀缺，盡管河水流域幾乎遍及整個可可西里，并且大于一平方公里的湖泊，總面積達到3825平方公里，但大多都是不能直接飲用的咸水湖?？煽晌骼锏孛箔h(huán)境主要以邊緣作用冰川作用以及流水作用地貌為主，但是冰川分布有著非常強的局限性，一般只分布在周圍少數(shù)的高山上，并且雖然在域內(nèi)有流水作用的地貌，但是這里水量有限，并且降水量季節(jié)變化很大，導致水流的侵蝕作用并不明顯。域內(nèi)平均年降水量很少，僅有不到300毫米，并且降雨期主要集中在六至九月份，由于可可西里無人區(qū)的面積遼闊，所以很難找到為數(shù)不多的水源，沒有淡水，渴都會渴死在可可西里。

不少可可西里的神秘事件的原因都是它的神秘地質，這里有很多的濕地和凍土，保護區(qū)內(nèi)的凍土面積占到保護區(qū)總面積的九成以上，這里藏匿著大量沼澤地與流沙地，因此闖入者很容易就會陷進。特別是夏天，當冰川和雪山開始消融，廣闊的可可西里大地被侵潤成一片沼澤，一腳踩上去，可能瞬間就會被松軟的細沙爛泥吞沒。而且不管是多么高級的越野車在可可西里這種沼澤地也不管用，一旦陷進去就很難出來了?？赡苌弦幻脒€在享受著無人區(qū)飛馳的快感，下一秒車輛就動彈不得。

在很多人的印象可可西里有著寸草不生的假想畫面，事實上可可西里地區(qū)植物資源極為豐富，有高等植物約202種。在200多種植物中，青藏高原特有種和青藏高原至中亞高山、西喜馬拉雅和東帕米爾分布的種在區(qū)系成分中占主導地位，可以說可可西里是青藏高原上墊狀植物最發(fā)達的地區(qū)，甚至可組成優(yōu)勢群落或群叢，形成大面積墊狀植被景觀。但可可西里雖然有著分布面積龐大的種子植物群落，但卻少有樹種。最為典型的就是可可西里東南區(qū)域的西藏那曲，歷史上那曲境內(nèi)沒有一棵樹，政府曾拿出高額的懸賞令，稱不論誰能在那曲種活一棵樹就獎勵30萬，結果很多人種了無數(shù)次都沒能成功。后來在相關科研人員的努力下，那曲終于打破了沒有樹的歷史記錄。

許多可可西里神秘之處都源于其獨特的地理和氣候，海拔四五千米高原上的天空顏色比平原上藍得多，甚至藍中帶暗，藍中帶黑。即使天邊也是藍的而不是白色的，也正由于高原上大氣稀薄，散射光線弱，因此不能掩蓋天空中的其他光亮物體，例如高原上白天常常出現(xiàn)平原上見不到的日月并照的奇觀。在夜間，頭頂上繁星滿天，但都不眨眼，甚至還能看到一片彩色的遙遠星云。可可西里還有許多奇事，例如“太陽雨”。因為可可西里夏季中氣溫低而地面溫度卻不低，夏季午后大氣上下對流活動還比較發(fā)達。但是高原上空天氣系統(tǒng)移動又快，降水很快就過去了。降水時除頭頂外天空常常大部分是藍的，常常還有太陽?！皷|邊日出西邊雨”的現(xiàn)象比平原上要顯著得多。